蜂蜜在酿造、运输与储存过程中，可能受到肉毒杆菌的污染。 蜂蜜中 80% 以上都是糖。
蜂蜜是糖的过饱和溶液，低温时会产生结晶，会生成结晶的是葡萄糖，不产生结晶的部分主要是果糖。蜂蜜又称为“甘蜜”。
根据2020年《GH/T 18796-2012蜂蜜》国家蜂蜜质量最新要求，纯蜂蜜分为一级品蜂蜜、二级品蜂蜜，其中修改旧标准中不再以波美度为等级划分，网络流传以蜂蜜蜜源不同为蜂蜜等级划分是无依据的。食用蜂蜜中毒的婴儿会出现迟缓性瘫痪，哭声微弱，吸奶无力，呼吸困难。小于6个月的婴儿更容易感染此病。中毒症状常发生于吃完蜂蜜或含有蜂蜜食品后的8～36小时，症状常包括便秘、疲倦、食欲减退。
蜂蜜等级划分以理化指标为标准要求
1、果糖和葡萄糖含量百分比：≥ 60% （所有等级蜂蜜必须达到标准要求）
2、水分：（不同标准不同等级要求）
（1）：荔枝蜂蜜、龙眼蜂蜜、柑橘蜂蜜、鹅掌柴蜂蜜、乌桕蜂蜜 ： 一级品≤23% 二级品≤26%
（2）：其他蜂蜜：一级品≤20% 二级品≤24%
3、蔗糖：（所有等级蜂蜜必须达到标准要求）
（1）：荔枝蜂蜜、龙眼蜂蜜、柑橘蜂蜜、鹅掌柴蜂蜜、乌桕蜂蜜 ≤10%
（2）：其他蜂蜜 ≤6%
4、酸度（1mol/L 氢氧化钠）， mL/kg ≤40
5、羟甲基糠醛，mg/kg ≤ 40
6、灰分 ≤ 0.4%
果糖的含量越高，水分越少其蜂蜜质量也相对较好
根据来源
我们知道，蜜蜂酿造蜂蜜时，它所采集的“加工原料”的来源，主要是蜜源地花蜜，但在蜜源缺少时，蜜蜂也会采集甘露或蜜露因此我们把蜂蜜分为天然蜜和甘露蜜。
天然蜜
天然蜜就是蜜蜂采集花蜜酿造而成的。它们来源于植物的花内蜜腺或在外蜜腺，通常我们所说的蜂蜜就是天然蜜，又因来源于不同的蜜源植物，又分为某一植物花期为主体的各种单花蜜，如桔花蜜、椴树蜜、荔枝蜜、刺槐蜜、紫云英蜜、油菜蜜、枣花蜜、野桂花蜜、龙眼蜜、野菊花蜜、狼牙蜜等。
蜜蜂虽然在某一个时期只从一种植物上采集花蜜，但是，大多数蜂蜜中常常含有几种类型植物的花粉或花蜜，例：南方荔枝花末期接着有龙眼花，油菜花末期接着有紫云英开花，所以龙眼蜜里必含有荔枝蜜成分，紫云英流蜜初期必有少量油菜蜜成分。一般情况下，蜂蜜是以一种或几种主要来源的花名来命名的。一般地说，某单花蜜就是该蜜源植物的花粉比例占绝对优势，例如在东北的椴树蜜中，椴树花粉应占绝对优势，蜜色白润。但也有许多植物同时开花而取到的蜜，因它有两种以上的花粉混杂在一起，一般称为杂花蜜，或“百花”蜜。