1、有害病菌

重茬种植会导致有害病原菌的富集，不仅会破坏土壤、作物根际微生态平衡，还会使有害病原微生物成为优势种群，导致对植物的有益微生物种群退化，造成植物根际较差的生长环境。

2、营养失衡

重茬种植还会导致植物必需营养元素失衡，主要因为连续种植同种作物，会使植物偏好的营养元素缺失，尤其是微量元素的缺失，还会使植物不喜或有害的元素富集，会使作物根部分泌物集累增加，同种植物的根部分泌物会对同种植物产生明显珠抑制作用。